受不利天气等多方面因素影响，今年新疆棉花品级普遍不如往年。阿克苏长绒棉收购价格在8.10元/公斤左右，销售价格为22000元/吨（产地提货价，公重）。
以阿克苏地区为例，受天气因素影响，今年当地籽棉的品级和单产均有不同程度的下降，再加上棉农、棉贩不分等分级，棉花加工企业抢收时对质量要求不严格，地方轧花厂2级棉比例仅在30%左右（2008年度在60%以上），3级棉的比例占到50%以上，1级棉基本没有；相对来说，兵团对籽棉收购和加工质量的控制要比地方企业严格很多，从已加工的皮棉公检数据看，2级棉的比例能够达到50%—60%。
新疆巴州地区棉花采摘已接近尾声，三级籽棉收购价格在6.7元/公斤左右，水分在8%左右，衣分在39-40%之间，二级皮棉价格在14000元/吨左右，棉籽价格在2.2元/公斤。
另据了解，从2009年度截至10月27日的新体制棉花加工企业公证检验进度数据看，新疆公检的棉花仅20.9万吨，特别是阿克苏、库尔勒地区仅有数家企业送检，经中国棉花网通讯员了解得知，主要原因如下：
一、目前南疆地方厂家的站台报价多是弱2级或2级，但如公检，至少有40%以上是3级棉，报价也要相应下调200—300元/吨；
二、部分轧花企业认为，籽棉收购价格已明显高于棉农预期，2009年度国家收储的可能性大幅下降，而内地的用棉企业对公证检验指标并不十分看重，大部分厂家更相信厂检；
三、阿克苏地区籽棉上市期推迟了15—20天，收购和加工进度比2008年度至少要慢20%，当地收购量最大的轧花厂目前也仅加工出1000多吨皮棉，大量籽棉堆在垛台。
